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Las primeras citas escritas del Cartulario de San Millán en el siglo XI denominan a esta población con los nombres de Equora y Ecora.

Fue una aldea de Laguardia hasta que en 1669 el rey Carlos II le concediera el título de villa.

El pueblo llegó a contar con once ermitas, algunas de las cuales desaparecieron antes de 1730, año en el que ya solo quedaban ocho. Este número tan elevado de ermitas se explica si se tiene en cuenta que Yécora era heredera de un Monasterio, el de San Miguel de Bihurco y dos parroquias, la de San Millán y San Estéban de Esquide.

Las tres sobrevivieron durante largos tiempos como ermitas.

El monasterio de San Miguel de Bihurco pasó a manos del monasterio de Albelda en el año 1058, mediante un trueque que los Señores de Cameros Jimeno y Sancho Fortúnez propusieron quedándose ellos a cambio con el monasterio de San Prudencio de la Peña Turce. El motivo de dicho cambio fue la adquisición de ambos del derecho de enterramienrto en el monasterio de San Prudencio, santo por el cual sentían una particular devoción.

Recientemente Yécora adoptó la denominación oficial bilingüe de Yécora/Iekora.